Difference between revisions of "インストールでのトラブルシューティング"

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(Installation of CMake)
(Installation of pre-compiled binary)
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SALMONをソースコードからビルドするために、バージョン3.0.2以降のCMakeが必要です。
 
SALMONをソースコードからビルドするために、バージョン3.0.2以降のCMakeが必要です。
  
== Installation of pre-compiled binary ==
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== コンパイル済みバイナリのインストール ==
  
 
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バイナリ配布を、[https://cmake.org/download/  download page]から得ることができます。
You can get the binary distribution from the [https://cmake.org/download/  download page].
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最初に、SALMONをインストールしたディレクトリに移動してください。
First, move to the installation directory of salmon,
 
 
<pre>
 
<pre>
 
cd <SALMON_INSTALLATION_DIRECTORY>
 
cd <SALMON_INSTALLATION_DIRECTORY>
 
</pre>
 
</pre>
and download the binary distribution ( <code>cmake-<VERSION>-<PLATFORM>.tar.gz</code>) appropriate for your platform.
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そしてあなたのプラットフォームに適合するバイナリ配布( <code>cmake-<VERSION>-<PLATFORM>.tar.gz</code>)をダウンロードしてください。
You can do it by copy the URL of download link from the browser, and use <code>wget</code> command:
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ブラウザからダウンロードのリンク先をコピーして、<code>wget</code>コマンドを用いて次のように行います:
 
<pre>
 
<pre>
 
wget https://cmake.org/files/v3.8/cmake-3.8.2-Linux-x86_64.tar.gz
 
wget https://cmake.org/files/v3.8/cmake-3.8.2-Linux-x86_64.tar.gz
 
</pre>
 
</pre>
In this document, we will use version 3.8.2 as an example. You can unpack the archive
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このドキュメントでは、例としてバージョン3.8.2を使うことにします。次にダウンロードしたアーカイブを解凍します。
 
<pre>
 
<pre>
 
tar -zxvf cmake-3.8.2-Linux-x86_64.tar.gz
 
tar -zxvf cmake-3.8.2-Linux-x86_64.tar.gz
 
</pre>
 
</pre>
and you will have the binary <code>make-3.8.2-Linux-x86_64/bin/cmake</code>
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これで、バイナリ<code>make-3.8.2-Linux-x86_64/bin/cmake</code>が得られます。
To utilize the <code>cmake</code> command,  the executable are settled inside the directory specified in your <code>$PATH</code>.
 
  
If you use the bash shell, you edit <code>~/.bashrc</code> and append the line:
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次に、<code>cmake</code>コマンドを実行するためには、実行ファイルを<code>$PATH</code>で指定したディレクトリの内部に置くことが必要であることに注意してください。あなたがbash shellを用いている場合は、<code>~/.bashrc</code>を編集し、次の行を追加します:
 
<pre>
 
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export PATH=<SALMON_INSTALLATION_DIRECTORY>/cmake-3.8.2-Linux-x86_64/bin:$PATH
 
export PATH=<SALMON_INSTALLATION_DIRECTORY>/cmake-3.8.2-Linux-x86_64/bin:$PATH
 
</pre>
 
</pre>
, and reload the configuration <code>source ~/.bashrc</code>.
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そして、設定を再読み込みします:
 
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<pre>
 
+
source ~/.bashrc
 
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</pre>
  
 
== Installation by package manager ==
 
== Installation by package manager ==

Revision as of 14:38, 3 February 2018

CMakeのインストール

CMakeは、多様なプラットフォームに適合したビルドツールです。 SALMONをソースコードからビルドするために、バージョン3.0.2以降のCMakeが必要です。

コンパイル済みバイナリのインストール

バイナリ配布を、download pageから得ることができます。 最初に、SALMONをインストールしたディレクトリに移動してください。

cd <SALMON_INSTALLATION_DIRECTORY>

そしてあなたのプラットフォームに適合するバイナリ配布( cmake-<VERSION>-<PLATFORM>.tar.gz)をダウンロードしてください。 ブラウザからダウンロードのリンク先をコピーして、wgetコマンドを用いて次のように行います:

wget https://cmake.org/files/v3.8/cmake-3.8.2-Linux-x86_64.tar.gz

このドキュメントでは、例としてバージョン3.8.2を使うことにします。次にダウンロードしたアーカイブを解凍します。

tar -zxvf cmake-3.8.2-Linux-x86_64.tar.gz

これで、バイナリmake-3.8.2-Linux-x86_64/bin/cmakeが得られます。

次に、cmakeコマンドを実行するためには、実行ファイルを$PATHで指定したディレクトリの内部に置くことが必要であることに注意してください。あなたがbash shellを用いている場合は、~/.bashrcを編集し、次の行を追加します:

export PATH=<SALMON_INSTALLATION_DIRECTORY>/cmake-3.8.2-Linux-x86_64/bin:$PATH

そして、設定を再読み込みします:

source ~/.bashrc

Installation by package manager

For several UNIX/Linux environment, your system already has the built-in package manager. and it will provide the most convenient way to install the cmake tools as below:

Debian/Ubuntu Linux

sudo apt-get install cmake

Fedora Linux/CentOS

sudo yum install cmake

openSUSE Linux

sudo zypper install cmake


Installation from source code

You can get the source code distribution from the download page. In this time, we will use the cmake version 3.8.2 as an example. Download the archive by wget comamnd and unpack it as below:

wget https://cmake.org/files/v3.8/cmake-3.8.2.tar.gz
tar -zxvf cmake-3.8.2.tar.gz

And, move to the unpacked directory and build.

 
cd cmake-3.8.2
./configure --prefix=INSTALLATION_DIRECTORY
make
make install

(replace INSTALLATION_DIRECTORY to your installation directory.)

To utilize the cmake command, the executable are settled inside the directory specified in your $PATH.

If you use the bash shell, you edit ~/.bashrc and append the line:

export PATH=INSTALLATION_DIRECTORY/bin:$PATH

, and reload the configuration source ~/.bashrc.

Installation of BLAS/LAPACK